Knjižnica je organizirana v širše organizacijske enote, v okviru katerih delujejo posamezne službe, oddelki, zbirke oziroma centri.
Vodstvo
Ravnatelj NUK: Viljem Leban
Pomočniki ravnatelja:
- dr. Melita Ambrožič, pomočnica ravnatelja za knjižnični sistem Univerze v Ljubljani
- mag. Simona Arzenšek, pomočnica ravnatelja za finančne in splošne zadeve
- dr. Ines Vodopivec, pomočnica ravnatelja za vodenje strokovnega dela
Tajnik NUK: Katarina Kač
SVET KNJIŽNICE
Predsednik: dr. Mitja Blaganje, predstavnik Ministrstva za kulturo
Namestnica predsednika: Irena Sešek, predstavnica zaposlenih v NUK
Člani:
- Marjan Gujtman, predstavnik Ministrstva za kulturo
- Iztok Žigon, predstavnik Ministrstva za izobraževanje, znanost in šport
- dr. Barbara Novak, predstavnica Univerze v Ljubljani
STROKOVNI SVET NUK
Predsednik: dr. Gorazd Vodeb, predstavnik strokovnih delavcev NUK
Podpredsednik: red. prof. dr. Primož Južnič, predstavnik Univerze v Ljubljani
Člani:
- Vesna Horžen, predstavnica Zveze bibliotekarskih društev Slovenije,
- prof. dr. Marko Juvan, predstavnik Kulturniške zbornice Slovenije,
- mag. Zdenka Oven, predstavnica Univerze v Ljubljani,
- Barbara Kavčič, predstavnica Zveze bibliotekarskih društev Slovenije,
- Aljoša Pelhan, predstavnik strokovnih delavcev NUK,
- Špela Velikonja, predstavnica vseh delavcev NUK,
- prof. dr. Slavko Žitnik, predstavnik Kulturniške zbornice Slovenije.
IZVRŠNI ODBOR SINDIKATA
- Damjana Vovk, predsednica