Knjižnica je organizirana v širše organizacijske enote, v okviru katerih delujejo posamezne službe, oddelki, zbirke oziroma centri.
Vodstvo
Ravnateljica NUK: Martina Rozman Salobir
Pomočniki ravnateljice:- dr. Melita Ambrožič, pomočnica ravnateljice za knjižnični sistem Univerze v Ljubljani
- mag. Simona Arzenšek, pomočnica ravnateljice za finančne in splošne zadeve
- mag. Zoran Krstulović, pomočnik ravnateljice za vodenje strokovnega dela
SVET KNJIŽNICE
Predsednik: dr. Mitja Blaganje, predstavnik Ministrstva za kulturoNamestnica predsednika: Irena Sešek, predstavnica zaposlenih v NUK
Člani:
- Marjan Gujtman, predstavnik Ministrstva za kulturo
- Iztok Žigon, predstavnik Ministrstva za izobraževanje, znanost in šport
- red. prof. dr. Martin Čopič, predstavnik Univerze v Ljubljani
STROKOVNI SVET NUK
Predsednica: dr. Sonja Svoljšak, predstavnica strokovnih delavcev NUK
Namestnica predsednice: Milena Bon, predstavnica strokovnih delavcev NUK
Člani:- dr. Sabina Fras Popović, Mariborska knjižnica, predstavnica Zveze bibliotekarskih društev Slovenije,
- Janez Groznik, predstavnik vseh delavcev NUK
- mag. Zdenka Oven, Knjižnica Fakultete za računalništvo in informatiko in Fakultete za elektrotehniko, predstavnica Univerze v Ljubljani
- red. prof. dr. Primož Južnič, Filozofska fakulteta, predstavnik Univerze v Ljubljani
- dr. Andrej Nared, Arhiv Republike Slovenije, predstavnik Kulturniške zbornice Slovenije,
- dr. Matija Ogrin, ZRC SAZU, predstavnik Kulturniške zbornice Slovenije,
- mag. Dunja Legat, Univerzitetna knjižnica Maribor, predstavnica Zveze bibliotekarskih društev Slovenije,
IZVRŠNI ODBOR SINDIKATA
- Damjana Vovk, predsednica