Enota za splošne, pravne in
 finančne zadeve

Služba za splošne, kadrovske
in administrativne zadeve
Finančna služba in računovodstvo
Služba za skupne programe in projekte 
Tehnično-vzdrževalna služba

Enota za razvoj in upravljanje
digitalne knjižnice

Služba za informacijsko-komunikacijsko podporo
Služba za knjižnično informatiko
Služba za razvoj in upravljanje digitalne knjižnice

 Enota za razvoj knjižničarstva

Bibliotekarski raziskovalni, izobraževalni in informacijski center
 Center za razvoj knjižnic

Enota za pridobivanje in obdelavo knjižničnega gradiva

Služba za pridobivanje knjižničnega gradiva
Služba za bibliografsko obdelavo knjižničnega gradiva
Oddelek za opisno in vsebinsko obdelavo
Agencija za ISBN
Agencija za ISMN
Oddelek Slovenska nacionalna bibliografija
Center za varovanje in ohranjanje knjižničnega gradiva

 Enota za delo z uporabniki
in upravljanje knjižnične zbirke

Služba za hranjenje knjižničnega gradiva
Služba za izposojo in posredovanje knjižničnega gradiva
Center za informacijske storitve

Enota posebnih zbirk

 Zbirka rokopisov, redkih in starih tiskov 
Glasbena zbirka
Kartografska zbirka in slikovna zbirka
Zbirka drobnega tiska in sive literature
Zbirka serijskih publikacij
Agencija za ISSN
Zbirka tiskov Slovencev zunaj RS