1. Pseudo-Aristoteles: Liber secreti secretorum Aristotilis ad Alexandrum regem Magnum. Druga polovica 14. stoletja,
73 pergamentnih listov; Ms 23.
Pripisano: Albertus Magnus Ratisbonensis: Liber recapitulationis astronomiae et nigromantiae; De artibus et operationibus in naturalibus. Anonyma: Circulus excentricus; Tractatus de sexualibus; De naturis animalium.
Srednjeveški rokopis naravoslovne vsebine, ekslibris Tomaža in Andreja Hrena. Provenienca: iz Škofijske knjižnice v Gornjem Gradu, 1798.

2. Antonius de Butrio: Liber quartus decretalium, Firenze, 14. VIII. 1497, 107 listov; papir, Ms 52.

3. Prosdocimus de Comitibus: Lectura supra 2. libro decretalium, konec 15. stoletja, 468 listov, papir; Ms 53.

4. Franciscus de Zabarellis: Lectura super 2. <3., 4., 5.> decretalium, konec 15. stoletja, 3 zvezki (259, 447, 332 listov), papir; Ms 54.

5. Jacobus de Zochis de Ferraria: Commentarius quarti libri decretalium, konec 15. stoletja, 358 listov, papir; Ms 55.

Kodekse s sign. Ms 52, Ms 53, Ms 54 in Ms 55 je darovala stiškemu samostanu leta 1642 Suzana Zaule iz zapuščine svojega starega očeta Jurija Zaule, o čemer pričajo tudi zapiski profosa Gregoriga v kodeksih. To so učbeniki za slušatelje prava na italijanskih univerzah s konca 15. stoletja.

6. Četveroevangelij, srbska redakcija, konec 13. ali začetek 14. stoletja, 391 pergamentnih listov; Cod. Kop. 12.
Eden od najbolj dragocenih srednjeveških cirilskih rokopisov iz Kopitarjeve zbirke.

7. Jožef Ambrožič: Pesmarice, 18. stoletje; Ms 1318/I-VIII.
Osem rokopisnih pesmaric organista Jožefa Ambrožiča, ki je sam napisal veliko pesniških besedil in melodij zanje, precej pa je tudi prepisoval od drugih: npr. od Filipa Jakoba Repeža.

8. Zbirka rokopisov Gregorja Kreka (115 enot + 6 prilog); Ms 1465.
Zbirka Gregorja Kreka, univerzitetnega profesorja slavistike na univerzi v Gradcu (1840-1905), vsebuje predvsem dragoceno korespondenco s tedanjimi slovenskimi in evropskimi slavisti (46 dopisov, npr. z Miklošičem, Cafom, Korytkom itd.) in kar 19 zbirk slovenskih narodnih pesmi in pripovedk, ki so jih nabrali slovenski študentje v 19. stoletju, med njimi Karel Štrekelj. Gradivo so pred prihodom v NUK hranili Krekovi potomci na Dunaju.

9. Markišavska pesmarica, 1631, 129 str.; Ms 1485-1.
Dragocen rokopis v prekmurskem narečju so našli po letu 1945 v Markišavcih pri Murski Soboti. To je edina prekmurska pesmarica, katere vsaj delni izvor na kajkavskem ozemlju je strokovno dokazan.

10. Anton Trstenjak: Slovenci na Ogrskem; Ms 1449.
Obsežna narodopisna študija, ki je ostala neobjavljena v rokopisu. V devetih poglavjih poda celotno kulturno podobo Prekmurja. Gradivo je zbiral ob koncu prejšnjega in v začetku tega stoletja.

11. Anicius Manlius Torquatus Severinus Boethius: De institutione arithmetica, Augustae Vindelicorum (i. e. Augsburg) : Erhard Ratdolt, 20. V. 1488; Ti 950-955.
Privezanih je še pet del: Elementale geometricum (1521), Chiromantia (1466), Michael Scotus: Liber physiognomiae (1477), Lucius Aeneus Seneca: De remediis fortuitorum (1509), Proba Falconia: Carmina (s.a.). Knjiga vsebuje tako šest različnih del v glavnem matematične in astrološke vsebine, od tega so tri inkunabule; vezana je v pergament, ima tiskane iniciale, številne shematične lesoreze, tabele, rokopisne marginalije.

12. Lambertus de Monte: Copulata super octo libros Physicorum Aristotelis iuxta doctrinam Thomae de Aquino. Coloniae (i. e. Köln) : Heinrich Quentell, 1498; Ti 468.
Prvi inkunabuli so privezana še tri dela (Ti 18124-18126):
Lambertus de Monte: Copulata super tres libros Aristotelis De anima iuxta doctrinam Thomae de Aquino (1498), Positiones circa libros Physicorum et De anima Aristotelis (1493), Lambertus de Monte: Quaestio quid de salvatione Aristotelis dici potest (s.a.).
Sočasna vezava, pergament. Lastniški vpis: Ex bibliotheca Joannis Baptistae a Seepach, ex libris illustrissimi principis Episcopi Labacensis Bibliothecae Oberburgensis; vsebuje razne marginalije. Uvezan je pergamentni list z narisano shematično podobo sedežev čutil v človeškem telesu.

13. Passio Domini Jesu Christi secundum IV evangelia = Die teutsche Passio. - Augustae Vindelicorum (i. e. Augsburg) : Hans Schauer, 1495; Ti 13380.
Zelo pomemben prvotisk, eden od treh doslej znanih izvodov inkunabule na svetu. Ostala dva se nahajata v Sttutgartu in Mainzu. Naš primerek je od vseh najpopolnejši, vendar sta vezava in papir v slabem stanju in zato nujno potrebna restavratorskega posega.

14. Bernard Perger: Oratio in funere Friderici III. Imperatoris Viennae habita, Roma, 1493; Ti 13704.
Inkunabula vsebuje nagrobni govor ob smrti avstrijskega cesarja Friderika III., ki ga je napisal Bernard Perger, ugledni humanist in učenjak, med drugim tudi profesor in rektor dunajske univerze. Perger velja za edinega avtorja slovenskega rodu, katerega dela so izhajala že v prvem obdobju tiskane knjige.

15. Protokoll des Friedens zu Basel vom 22. Sept. 1499, [Strasbourg, post 22. IX. 1499]; Ti 14750.
Zgodovinski dokument, ki objavlja protokol mirovne pogodbe, sklenjene v Baslu, med cesarjem Maksimilijanom I. in njegovimi zavezniki, švicarsko zvezo. Privezanih je še nekaj krajših tiskov iz 16. stoletja. Inkunabula velja za svetovni unikat.

16. Molitvenik Sveti pisanie (Euchologium), [Venezia] : Vicentie Vuković, 1. VI. 1560. R 20000.
Cirilica, črno-rdeč tisk, lesorezi; nepopoln izvod, manjka tudi naslovna stran. Iz Kopitarjeve knjižnice.

17. Psaltir s časoslovom (Psalterium et horologium), V Bnecieh (i. e. Venezia) : poveleniem Božidara Vukovića hieromonah Pahomije, 1519-20 (Psaltir IV. 1519; Časoslov 12. X. 1520);
R 18394.
Cirilica, črno-rdeč tisk. Iz Kopitarjeve knjižnice.

18. Psaltir s časoslovom (Psalterium et horologium), Venezia : Jeronim Zagurović iz Kotora i Jakov Krajkovski iz Sofije, 1569;
R 18389; R 18390.
Cirilica, črno-rdeč tisk; obema izvodoma manjkajo prve in zadnje strani. Iz Kopitarjeve knjižnice.

19. Psaltir s posledovaniem (Psalterium etc.), Venezia : poveleniem Vicentia Vukovića, 1546; R 18387.
Cirilica, črno-rdeč tisk, v ornamentnem okviru z lesorezi s svetopisemskimi prizori. Iz Kopitarjeve knjižnice.

20. Triody postnie, Venezia : poveleniem Vicentia Vukovića, Stefan <Marinović> od grada Skadra, 6. I. 1561;
R 19286. Cirilica, črno-rdeč tisk, prve in zadnje strani le delno ohranjene. Iz Kopitarjeve knjižnice.

Po Kopitarjevi smrti v letu 1844 je tedanje deželno predsedstvo odkupilo dragoceno Kopitarjevo knjižnico za 1400 fl. Cena je bila zaradi dunajskega nepoznavanja njene resnične vrednosti, ki je temeljila predvsem na slovanskih kodeksih in redkih slovanskih tiskih, izredno nizka. Tako smo Slovenci deloma tudi po sreči bistveno obogatili svojo nacionalno knjižnico za 1925 del v 2022 zvezkih in 144 listih. Precejšnje število enot iz te zbirke je zaradi naravnega staranja in poškodb nujno potrebnih posebne zaščite in restavriranja.

21. Joseph Balthazar Silvestre: Paléographie slavonne. Paris: Firmin Didot frères, 1843 (30 listov z barvnimi faksimili, 67 x 44 cm); R IV 19093.
Edini znani izvod knjige, ki jo je dal natisniti Silvestre kot dar svojemu tesnemu sodelavcu in najboljšemu prijatelju Jerneju Kopitarju. Po doslej znanih podatkih je delo izšlo le v dveh izvodih, ki sta bila v Kopitarjevi lasti, vendar drugega iz dosegljivih virov za sedaj ni mogoče najti. To dragoceno delo, ki je morda celo unikat, vsebuje zelo lepe barvne litografije iz srednjeveških slovanskih kodeksov, ki jih hranijo v evropskih knjižnicah od Moskve do Vatikana in tudi pri nas. Zlasti z besedilom potiskane pole kažejo močne poškodbe zaradi kislosti papirja.

22. Vitomil Zupan: Rokopisne beležnice s poezijo iz jetnišnice
Dragocen rokopis, 14 beležnic, ki jih je avtor pisal v ječi v obdobju političnega preganjanja po 2. svetovni vojni.
Inv. št. 10/97.

23. Fran Levstik: Zapuščina.